9. Le classement des cours d’eau

La Boutonne amont et moyenne, et tous les affluents sont des cours d'eau non domaniaux. A l'aval de Saint Jean d'Angély, elle devient cours d'eau domanial. La Boutonne amont, moyenne et leurs affluents sont classés en première catégorie piscicole (présence de salmonidés). La Boutonne aval et la Trézence sont en deuxième catégorie piscicole.

Dans le SDAGE, la Boutonne est identifiée comme « axe migrateur prioritaire-axe bleu ».